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數據資源包括微生物資源及編目數據、基因組、宏基因組數據、生物安全等共計61個數據庫，資源總量超過2PB，數據記錄數超過40億條。重點數據庫：全球微生物菌種目錄數據庫已收錄全球48個國家的129個保藏機構的45萬菌株保藏信息。全球模式菌株全基因組數據庫，五年內完成萬種細菌、真菌模式等菌種的測序，并完成標準開發、數據平臺、數據挖掘等工作。